生物学者にとってCondaはベストな選択です
condaを使えば煩わしいインストール作業がなくなる
これからNGS解析を始めようとしたときに、"Hello World!"からスタートするでしょうか？
おそらく多くの生物学者はもっと楽な方法を求めるでしょう。例えば、bowtie2を使ってマッピングをしたり、deeptoolsを使って データの可視化をしたりすると思います。
そう！ これまで世に出回っている有用なソフトウェアをインストールするはずです！
しかし、これらは楽な方法と言いつつも、bowtie2やdeeptoolsなどのソフトウェアをいくつもインストールするのは骨の折れる作業です。
(インストーラーをダウンロードして、解凍して、実行して、依存関係のあるソフトウェアをインストールして…ということを繰り返さないといけません)
そこで、Condaを使えばそんな面倒なインストール作業をEnterキーを1,2回押すだけで完了させることができるのです！
1. Condaコマンドを使えるようにしましょう
Condaを使うためには、AnacondaかMinicondaをインストールしましょう。わたしたちがおすすめしているのはMinicondaです。
こちらのサイトを参考にしてください。
こちらも参考になります。
はじめは手間取るかもしれません。
困ったら、Ubuntuを再インストールすれば何度でもやり直せます！
ここで少し、補足をしておきます。
何やらよくわからない言葉が出てきて不安に思われるかもしれませんが安心してください。大した話ではありません。
なるべくわかりやすく説明していきます。
AnacondaやCondaは工具に例えることができます。
・Condaはプラスドライバーです。（よく使う工具ですね！）
・Minicondaは小さい工具セットです。この工具セットの中にはプラスドライバーやペンチなど最低限の工具が入っています。
・Anacondaは大きな工具セットです。この中にはプラスドライバーやペンチに加え、ニッパーやヤスリなど様々なものが入っています。
ここで、注意すべき点として、
まず一つはConda単体では入手できません。(プラスドライバーだけを手に入れることはできない)。
なのでAnacondaかMinicondaを手に入れる必要があります。
次に、驚くことにAnacondaもMinicondaもいずれも無料です！
つまり、Condaも無料で手に入る有用なツールなのです。
これだけ聞くと、「とりあえずAnacondaを入れておけばいいのでは？」と考える方も多いと思います。
それでも問題ありません。ただ、気を付けていただきたいのはAnacondaが重たいということです。
こちらのサイトを参考にしてください。
実際、NGS解析でAnacondaに含まれるツールを喜び勇んで使う機会は少ないので、Minicondaで十分だと考えています。
2. NGS解析に使えるオススメのソフトウェア
Condaを使えば簡単に様々なソフトウェアを試すことができます。
おススメのソフトウェアを挙げておきますね！
こちらのサイトを参考にしてください。
他にも、入れたくなったソフトウェアがあれば、google検索で"conda <調べたいソフトウェア名>"を打ち込めば大概は解決します。(便利な世の中ですね。)
conda install meme
conda install fastqc
conda install fastx_toolkit
conda install bowtie
conda install bowtie2
conda install prinseq
conda install circos
conda install samtools
conda install bedtools
conda install sra-tools
conda install trimmomatic
conda install star
conda install picard
conda install macs2
conda install htseq
conda install rseqc
conda install methylpy
conda install -c conda-forge openjdk
conda install -c bioconda parallel-fastq-dump
conda install -c bioconda deeptools
conda install -c anaconda numpy
conda install -c bioconda scipy
conda install -c bioconda plink
conda install -c bioconda plink2